“三令五申”出自《史记·孙子吴起列传》：“约束既布，乃设斧钺，即三令五申之。”
宋代曾公亮撰《武经总要》，对“三令五申”有明确记载。所谓“三令”，一令观敌之谋，视道路之便，知生死之地；二令听金鼓，视旌旗，以齐其耳目；三令举斧钺，以宣其刑赏。所谓“五申”：一申赏罚，以一其心；二申视分合，以一其途；三申画战阵旌旗；四申夜战听火鼓；五申听令不恭，视之以斧钺。
“三令”与“五申”的本源及其具体内容原意是在教育将士应该在战阵中或军事行为中明确作战守则。随着时代的变化，“三令五申”的含义也有所改变。诸如我们现在通常的“三令五申”并不是执行它的具体内容，而是再三地向下级命令告诫之义。