达赖喇嘛的称号始于１５７８年，确定于第三世达赖索南嘉措时期。当时他到青海地区传教，说服了土默特部的首领俺答汗皈依佛门，他们在政治上彼此推祟并互赠尊号。俺答汗赠给索南嘉措的尊号：“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。
“圣”在佛教中表示超出凡间；“识一切”是普遍通晓之意，认为是显宗方面取得最高成就的人；“瓦齐尔达喇”为梵文，意为执金刚，是在密宗方面有最高成就的人的称号；“达赖”是蒙语“大海”；“喇嘛”是藏语“大师”。合起来说，就是在显宗和密宗两方面都修到最高成就的，超凡入圣而学问渊博犹如大海一样的上师。这个尊号仅是蒙藏代表人物私人之间的互赠，尚不具有政治及法律意义。
当时，俺答汗已受明朝册封为顺义王。索南嘉措托俺答汗代他向明朝皇帝请求册封；他本人也向明朝宰相张居正致函，要求朝廷给他赐封。不久，明朝万历皇帝降旨，赐给他的封文中就有“达赖”的字样。１５８７年明朝政府正式承认这一称号，并派使节加以敕封。索南嘉措得此称号之始，为三世达赖喇嘛。前两世为后人追认。由此往前追溯，宗喀巴的弟子根敦珠巴为一世，根敦嘉措为二世。
１６５３年清顺治十年，五世达赖应清帝之邀来到北京。顺治皇帝沿用了俺答汗对三世达赖的尊号，正式册封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并授予金册和金印金印刻有汉、满、藏三种文字。从此，“达赖喇嘛”封号开始具有政治意义和法律效力。
１７５１年，清朝为了更好地治理西藏，又令七世达赖喇嘛掌管地方政权，开始政教合一。