从1861年起，在德国陆续发现了12件始祖鸟的化石。这种动物的身体结构“一半像鸟、一半像爬行动物”：羽毛的分布跟结构和我们熟悉的鸟类不太一样，例如尾骨非常长，嘴里有牙齿，翅膀上还保留了锋利的爪子，这些特征和爬行动物更加相似。于是从一开始，始祖鸟就被鉴定为爬行动物像鸟类演化的过度类型。100多年来科学家们都已经习惯了将它作为支持达尔文进化论的最重要的过渡性生物。
那么，为什么说它是最原始的鸟呢？
要回答这个问题，就要先回答什么是鸟。这不难回答，鸟类有羽毛，也能够飞行，与其他动物的区别一目了然。始祖鸟是有羽毛，但它会飞吗？能飞多高？尽管对此还有争论，但长期以来，大多数的科学家还是认为，不论始祖鸟的飞行本领有多大，既然有了鸟类特有的羽毛，算作最古老的鸟类也是可以的，况且分类和命名的一个最重要原则是“约定成俗”，目的还是为了交流。在这，也没有比始祖鸟更古老甚至是同期的其他鸟类。所以，100多年来始祖鸟是鸟类最早祖先的地位并没有经受真正的挑战。
2011年，中国恐龙学家徐星在《自然》杂志发表了一篇文章。基于对新的化石的发现和分析，他认为始祖鸟其实不是鸟类的始祖，而是和近鸟龙关系最近的一种带羽毛的恐龙。这篇文章代表了近年来对始祖鸟地位的最强烈的挑战。难道100多年来鸟类始祖的地位就此要发生动摇了吗？科学家们的反应并不一致。2011年底，一些国外学者发文对此提出不同的意见，他们用了不同的分析方法得出结论是：始祖鸟依然是鸟类最早的祖先。