中医和西医一样，研究的对象都是人的疾病和健康问题。中医扎根于中国五千年的传统文化， 在中国古代文化昌盛的春秋战国和秦汉时期就奠定了其基本理论体系。作为一门长于经验积累和观象思辨的学问，中医长期受到儒学和道学的浸润、熏陶，并互相交汇、融合，因而带有中国传统文化的深刻烙印。比如，中医强调从天人关系诊治疾病，注重活体动态观察病机变化，即为中国传统文化中天人关系、动静关系核心哲学思想在中医医学理论中的反映。
对于疾病发生的原因，中医主要从人与自然失和，人与社会不相协调，人的脏腑功能失衡、气血失和、形神失谐等方面去探求。中医构建的是自然—社会—形神整体的医学模式，注重整体联系，但微观分析手段相对薄弱。
在临床诊疗的思维上，中医注重个体化、动态化的诊治理念。所谓个体化，就是把患病的每一个体作为重要的研究对象，患同样的病，在各个个体上表现是不同的，也就是说它的病理变化机制也是不同的，决定了治疗应该是个体化的。如同样是冠心病，有的患者以血瘀为主，治疗应采用活血化瘀的方法；有的患者以痰湿为主，治疗主要用化痰祛湿的方法。
所谓动态化原则，即认为运动变化是生命存在的基本属性和固有特征，因此病变也是动态变化的，医师在诊疗中必须掌握疾病动态变化的规律，在不同的时段采取相应的诊疗措施，以取得更好的疗效。这种个体的、动态的诊疗理念，用一句话概括就是辨证论治。
在治疗疾病的原则和方法等不同层面，中医以调动和激发自主抗病能力为基本原则，即所谓的“扶正祛邪”。中医认为，人在感受邪气而发病时，人自身具有保护机体不受病邪进一步侵袭，直至祛邪外出的抗病趋向。
中医在治疗时，重在保护和利用这种趋势，主张采用因势利导的原则，以达到事半功倍的效果。如临床表现发热、出汗、呕吐、腹泻等症状，中医认为这往往是正气遇邪奋起抵抗的结果，可以采用辛温发散、发汗解表，以及吐法、泻法等治法顺势祛邪。
当邪气一时难以完全清除、导致疾病慢性迁延的状态时，中医并不一味祛邪图一时之快，而是采用调和缓治的方法，待正气逐渐强壮，再逐渐祛除邪气；即便邪气留而不去，亦可通过中医治疗维持和平共处的基本健康状态。这种和平共处也就是中医调和阴阳原则的内涵之一。由于在治疗原则和方法上的这些特点，中医在一部分急性病和大部分慢性病的防治中可以发挥其重要作用。